处理债权转让合同纠纷的方式是：1、债权转让合同双方当事人基于平等自愿原则共同协商；2、协商不成，合同当事人可以向人民法院提起诉讼，并且提供能证明自己诉讼主张的相关证据，请求法院支持自己的诉求。债权转让合同发生纠纷怎么办的法律依据
《民法典》第五百四十五条债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但是有下列情形之一的除外：（一）根据债权性质不得转让；（二）按照当事人约定不得转让；（三）依照法律规定不得转让。当事人约定非金钱债权不得转让的，不得对抗善意第三人。当事人约定金钱债权不得转让的，不得对抗第三人。第五百四十六条债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。债权转让的通知不得撤销，但是经受让人同意的除外。