农残检测仪使用原理是通过内置单片机，单片机对温度和时间等参数进行调控，再通过生化反应对蔬菜、水果等食物的有机磷和氨基甲酸酯类农药进行半定量检测，运用速测卡中的胆碱酯酶可催化靛酚乙酸酯水解为乙酸与靛酚，由于农药对胆碱酯酶的活性有抑制，催化水解后的显色不一样。因此，根据结果颜色的深浅程度，即可测出样品中有机磷或氨基甲酸酯类农药的残留情况。
农残检测仪对于农残的检测更加的标准科学，仪器的应用使得农药残留能从源头上把控，进一步的控制了农药残留对人类的危害。农残检测仪的应用更加证实了科学研究成果在农业领域内的应用，科技进步也促使农业生产在不断上升到新阶段。