pcr扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是mg2 离子浓度过高、退火温度过低，rna扩增*盒，及pcr循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有：必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法（93℃变性，65℃左右退火与延伸）。
竞争性pcr(competitive pcr， c-pcr技术
c-pcr技术是竞争cdna模板与目的cdna同时扩增.使用同样的引物，但一经扩增后。能从这些目的cdna区别开来。通常使用突变性竞争cdna模板.其序列与目的cdna序列相同.不过模板中仅有一个新内切位点或缺少内切位点突变性的cdna模板可用适当的内切酶水解，并用分光计测定其浓度。cdna目的序列和竞争模板相对应的含量.可用澳化乙锭染色.电泳胶直接扫描进行测定或掺入放1射性同位素标记的方法测定。竞争模板开始时的浓度是已知的.则cdna目的序列的*初浓度就能测定。这种方法能准确测定mrna中cdna靶序列.可用于几个到10个细胞中mrna的定量。
pcr反应特异性强：pcr反应的特异性决定因素为：①引物与模板dna特异正确的结合；②碱基配对原则；③taq dna聚合酶合成反应的忠实性；④靶*的特异性与保守性。
其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及taqdna聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶*片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶*区，其特异性程度就更高。
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