分居协议书是能依法进行公证的。根据相关法律规定，对于当事人申请的合同、继承、委托等事项，可以依法办理公证手续，且经公证的协议，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。分居协议书可以进行公证吗的法律依据
《中华人民共和国公证法》第十一条根据自然人、法人或者其他组织的申请，公证机构办理下列公证事项：（一）合同；（二）继承；（三）委托、声明、赠与、遗嘱；（四）财产分割；（五）招标投标、拍卖；（六）婚姻状况、亲属关系、收养关系；（七）出生、生存、死亡、身份、经历、学历、学位、职务、职称、有无违法犯罪记录；（八）公司章程；（九）保全证据；（十）文书上的签名、印鉴、日期，文书的副本、影印本与原本相符；（十一）自然人、法人或者其他组织自愿申请办理的其他公证事项。第三十六条经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。