（1）污泥负荷与污泥龄 生物硝化属低负荷工艺，f/m一般在0.05～0.15kgbod/kgmlvss·d。负荷越低，硝化进行得越充分，nh3-n向no3--n转化的效率就越高。与低负荷相对应，生物硝化系统的srt一般较长，因为硝化细菌世代周期较长，若生物系统的污泥停留时间过短，即srt过短，污泥浓度较低时，硝化细菌就培养不起来，也就得不到硝化效果。srt控制在多少，取决于温度等因素。对于以脱氮为主要目的生物系统，通常srt可取11～23d。
（2）回流比 生物硝化系统的回流比一般较传统活性污泥工艺大，主要是因为生物硝化系统的活性污泥混合液中已含有大量的硝酸盐，若回流比太小，活性污泥在二沉池的停留时间就较长，容易产生反硝化，导致污泥上浮。通常回流比控制在50～100％。
（3）水力停留时间 生物硝化曝气池的水力停留时间也较活性污泥工艺长，至少应在8h以上。这主要是因为硝化速率较有机污染物的去除率低得多，因而需要更长的反应时间。
（4）bod5/tkn tkn系指水中有机氮与氨氮之和，入流污水中bod5/tkn是影响硝化效果的一个重要因素。bod5/tkn越大，活性污泥中硝化细菌所占的比例越小，硝化速率就越小，在同样运行条件下硝化效率就越低；反之，bod5/tkn越小，硝化效率越高。很多城市污水处理厂的运行实践发现，bod5/tkn值范围为2～3左右。
（5）硝化速率 生物硝化系统一个专门的工艺参数是硝化速率，系指单位重量的活性污泥每天转化的氨氮量。硝化速率的大小取决于活性污泥中硝化细菌所占的比例，温度等很多因素，典型值为0.02gnh3-n/gmlvssd。
（6）溶解氧 硝化细菌为专性好氧菌，无氧时即停止生命活动，且硝化细菌的摄氧速率较分解有机物的细菌低得多，如果不保持充足的氧量，硝化细菌将“争夺”不到所需要的氧。因此，需保持生物池好氧区的溶解氧在2mg/l以上，特殊情况下溶解氧含量还需提高。
（7）温度 硝化细菌对温度的变化也很敏感，当污水温度低于15℃时，硝化速率会明显下降，当污水温度低于5℃时，其活动会*停止。因此，冬季时污水处理厂特别是北方地区的污水处理厂出水氨氮超标的现象较为明显。
（8）ph 硝化细菌对ph反应很敏感，在ph为8～9的范围内，其生物活性强，当ph＜6.0或＞9.6时，硝化菌的生物活性将受到抑制并趋于停止。因此，应尽量控制生物硝化系统的混合液ph大于7.0。