共同财产被查封财产分配协议是有效的。根据相关法律规定，人民法院可以查封、扣押、冻结，并及时通知共有人。并且共有人经债权人认可而订立协议分割共有财产的，人民法院可以认定有效。共同财产被查封财产分配协议是否还有效的法律依据
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第十二条
对被执行人与其他人共有的财产，人民法院可以查封、扣押、冻结，并及时通知共有人。
共有人协议分割共有财产，并经债权人认可的，人民法院可以认定有效。查封、扣押、冻结的效力及于协议分割后被执行人享有份额内的财产；对其他共有人享有份额内的财产的查封、扣押、冻结，人民法院应当裁定予以解除。
共有人提起析产诉讼或者申请执行人代位提起析产诉讼的，人民法院应当准许。诉讼期间中止对该财产的执行。