低温喷雾干燥机在采用化学清洗的过程中，在进行操作的过程中可以采用酸液、碱液以及各种洗涤剂清洗，在进行使用时其中酸洗，会有效的将其hno3配成1~2%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用水清洗;碱洗：将naoh配成0.5~1%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用清水清洗。
实验室喷雾干燥机在一定程度上应该有效的按照其周围的环境条件，其空气的含尘量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含尘量低的6~8星期清洗一次。其中的不锈钢细丝，用碱洗法洗涤后，仍应均匀地敷设到空气过滤器的框架内，并喷以轻质锭子油或真空泵。