医院污水中机类杂质较多， codcr 、bod5均较，且bod5/codcr之值大于0.4，生化功能较。因而宜选用以生化为主加消毒的工艺处理流程。因污水水量较小，生化设备选用地埋式一体化医疗污水处理设备。
污水经格栅除去飘浮和大颗粒悬浮杂质后进入污水调理池，调理池中污水由提泵提进入一体化污水处理设备，污水在设备中经过水解酸化、生物触摸氧化、沉积、消毒等处理过程，回用或排放。
医院污水处理系统除了包括含菌污水的处理和消毒外，对其他各种除排水根据需要还应单独处理，如含重金属的废水，放射性废水、含油废水和洗印废水等。重金属废水来自牙科治疗和化验室，含汞，铬等害物，可用化学沉淀法或离子交换法处理。放射性废水来自同位素治疗和。浓度放射性废水采用衰变池处理，或用化学共沉淀法、离子交换法处理。含油废水来自厨房食堂，一般采用隔油池处理。洗印废水来自照片洗印，含银、显影剂、定影剂等害物质、含银废水可采用电解法回收银，显影剂可用化学氧化法处理。