北斗卫星同步时钟内具有高精度本地时钟守时系统。本地守时系统精度为10-8，高可至10-9。在gps、北斗卫星系统正常的情况下，本地时钟系统被卫星所同步。当卫星系统连接故障时，时钟主机自动切换到本地时钟，仍旧能够提供高精度时钟输出。时钟系统采用了双星模式。双模式同时接收国产北斗卫星系统和美国gps定位系统卫星，使得参与同步定位的卫星数量大幅增加，并且搜星速度快，同步定位精度比单独gps方式更高，时钟精度更精准。
随着对时钟同步精度要求的不断提高，用无线电波授时的方法，开始用短波授时（ms级精度），由于短波传播路径受电离层变化的影响，天波有一次和多次天波，地波传播距离近，使授时精度仅能ms级。所谓时间同步，即要求各点之间的时间相同。比如，我们国内都使用北京时间，时间同步设备就是调整本地的时间时钟，使之与北京时间严格同步，并使各地之间的时间时钟误差维持在很小的范围内，如小于100ns。维持时间同步与维持频率同步相比要困难得多，它要求在维持频率同步的同时，还要严格维持相位同步，不允许有相位积累。要消除时钟设备跟踪过程中带来的相位误差以及传输过程中引入的相位损伤，技术难度相当高。
北斗卫星同步时钟两个独立的网络接口，支持udp主机点对点模式、广播模式和组播模式，接收主机数量无限制。卫星同步丢失后能够连续、稳定、高精度地输出与gps接收机原始秒脉冲同步的替代（守时）时、分、秒脉冲，并维持内部时钟的精确性（即内部守时功能）。网络授时服务器，支持ntp和sntp协议，流行的网络主机系统/设备无需额外编写程序便可自动精确同步时间。