在清洗菩提子的时候，由于它的纹路分布不均匀且较深，最好先将其放在温度为30度的水里浸泡几个小时，以软化里面的残渣碎屑，如果是菩提子手串的话，不需要解开绳子，待它慢慢的沉到水底就不用理会。
2、刷洗
之后用钢丝刷将菩提子仔细刷洗干净，还要保证每个部位都能被刷到，主要以垂直的角度平刷，刷的时候不宜用力过大，之后将其捞起来放在干净的毛巾上，用手指仔细的揉搓，将里面的污垢清理干净。
3、重刷
当刷完后，将菩提子重新放在干净的清水里浸泡，用手在里面使劲的搅拌，将刷下来的渣滓洗出来，之后将其擦洗干净，放在阴凉的环境中晾干，等它完全干燥后，再用猪毛刷重新干刷几次即可。