由于石墨炉分析是痕量和超痕量即在0.01—1000pg之间，因此其影响因素颇多，这里只简述如下：
1、需要超净的实验室和超净的器皿。
2、需远离强磁场、电场和强振动源。
3、需刚性的工作台与地面牢固接触。
4、环境温度、湿度也要满足要求。
除此之外，对分析者和仪器的分析条件等的要求：
5、分析者加样量的多少、加样时间间隔、加样于石墨管中的位置等对灵敏度和精度都有较大的影响。
6、对仪器条件的选择：如灯电流、负高压、带宽、灯位置等都有重要影响。
7、对石墨管种类：如普通管、热解石墨管、平台石墨管等，也有很大影响。同是同种石墨管由于离散性也有很大影响。
8、加热程序设置，其中各段的温度和原子化时内气给定（停或给），都将有极为重大的影响。
9、石墨炉体温度不同时也将带来测定误差。
10、样品在石墨管中复杂的化学反应，样品中其它元素的干扰等。
总之，影响石墨炉分析测定的因素极其复杂和多样，积累丰富的实践经验才能将石墨炉分析可减少带来误差。