现在只要是做细胞培养并发表论文，期刊就要求一定要做支原体检测。一般要一周测一次支原体。
支原体检测有好几种方法。药典规定有培养法和dna染色法。
现在，pcr和qpcr方法也较为常用。pcr法支原体检测原理是针对支原体16s rrna保守序列设计引物，只要有支原体dna扩增片段即证明有支原体污染存在。
qpcr支原体检测则除了引物外，还会用到探针，均荧光素标记，从而观察在fam通道是否有代表支原体的扩增曲线出现。
qpcr属于比较高级的方法，pcr或者其他方法属于比较普通的方法，更多用于常规科研实验室，pcr也可用于工业。如用于工业，则pcr和qpcr均需要完成方法学验证方案，证明符合欧洲等药典。
支原体检测还有其他几种方法：
如生物化学发光法：它是通过支原体酶与特异底物反应产生atp， atp浓度与其激发的荧光强度成线性关系。通过检测荧光强度，从而断定是否有支原体存在。
如细胞感应法，即通过支原体激活hek-blue™-2细胞上的tlr2受体，诱发分泌碱性磷酸酶，可通过专有培养基变色检测到支原体的存在。
每种方法都有自己的长处和短处，可从结果是否直观，操作时间长短，灵敏度，检测的支原
体种类多少，以及是检支原体dna还是活的支原体等方面来评价。
但对于工业放行检测而言，迄今为止，只有具有高灵敏度的pcr法或qpcr法才用于工业，如minerva biolabs生产的支原体检测试剂盒。而其他方法都是仅能用于科研。
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