原位杂交（in situ hybridization）将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，称为原位杂交。
使用dna或者rna探针来检测与其互补的另一条链在*或其他真核细胞中的位置。
杂交技术*重要的因素之一是选择*适的杂交反应温度。若反应温度低于tm 10～15℃，碱基顺序高度同源的互补链可形成稳定的双链，错配对减少。若反应温度再低（tm-30℃），虽然互补链之间也可形成稳定的双链，但互补碱基配对减少，错配对增多、氢键结合的更弱。如两个同源性在50%左右或更低些的dna，调整杂交温度可使它们之间的杂交率变化10倍，因此在实验前必须首先确定杂交温度。通常有三种温度可供试验，即*适复性温度、苛刻复性温度及非苛刻复性温度。温度的选择及温度对杂交的影响见表18-3。
*适复性温度（optimunm renaturation temperature， tor）：tor =tm –25℃
苛刻复性温度：ts = tm – (10或15℃)
非苛刻复性温度：tns =tm – (30或35℃)
根据不同的杂交实验要求，应选择不同的核酸探针。在大多数情况下，可以选择克0隆的dna或cdna双链探针。但是在有些情况下，必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和rna探针。例如，在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的dna单链探针（通过克0隆人m13噬菌体dna获得）或rna探针，寡核苷酸探针也可。长的双链dna探针特异性较强，适宜检测复杂的靶核苷酸序列和病原体 ，但不适宜于组织原位杂交，因为它不易透过细胞膜进入胞内或核内。在这种情况下，寡核苷酸探针和短的pcr标记探针（80～150bp）具有较大的优越性。
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