西瓜皮椒草在繁殖过程中或成株期经常感染疫霉菌，产生茎基和叶的腐烂。这种病害特征是湿软腐烂，在高温高湿条件下传播很快。
病原phytophthoraspp．称一种疫霉，属卵菌。病菌形态特征参见一串红疫霉病。
传播途径和发病条件
西瓜皮椒草对疫霉菌敏感，较易感染。疫霉是常见的真菌，在池水中常见，有时泥炭也被污染，成为豆瓣绿的初侵染源，湿润的条件利于疫霉菌的侵染。一般幼苗出土或苗期生长缓慢时抗性差易受侵染。该菌以卵孢子越冬，卵孢子萌发产生游动孢子，这些孢子可侵染幼苗。在潮湿的土壤中，腐烂的植物组织中形成大量孢子囊。此外水也是该菌传播重要途径。多雨的年份或季节及养护环境湿度大易发病。
防治方法
(1)精心养护，注意不要过湿，千方百计把湿度降下来，浇水时不要把泥土溅到植株茎基部。
(2)雨后及时排水，防止湿气滞留。
(3)发病初期喷洒27%铜高尚悬浮剂600倍液或53.8%可杀得2000干悬浮剂1000倍液、70%乙膦·锰锌可湿性粉剂500倍液、69%安克锰锌可湿性粉剂1000倍液、70010百德富可湿性粉剂500-700倍液。