豆奶中如果有。少量非病原微生物，在常温下会繁殖生长，最终导致豆奶的酸败沉淀，不利于保存。而人体一下子吸收大量杂菌，会引起肠胃感染，引发疾病，也是产品不合格的表现。因此，豆奶是必须进行热杀菌的。为了保证豆奶的口味和质量，必须严格把控杀菌温度和时间。
高温灭菌法就是灭菌温度为121℃，蒸汽压力0.14兆帕，灭菌时间为20-30分钟（包装豆奶），实际上，在121℃的条件下，4-5分钟内即可杀死全部耐热型芽孢，但考虑到包装材料所需要的传热时间和豆奶中保护物质的存在，灭菌时间应适当延长一些。采取保持灭菌杀死了所有可以生长的微生物，所获得的产品是商业无菌的，即达到不含毒素、不含致病菌、不含在正常的储存和配送条件下有繁殖能力的微生物。因此，其贮存和运输销售不需要冷藏。