员工与公司之间的纠纷可以通过下列办法进行处理：1、公司和员工协商处理；2、可以申请仲裁；3、也可以向人民法院提起诉讼，由法院依法作出判决；4、涉及到工资纠纷的，还可以向劳动行政部门举报。员工与公司纠纷处理的法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。第一百二十三条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。