借款人对借条上的签字提出异议，应当由债权人申请笔迹鉴定，债务人应提供笔迹比对样本。如果出借人提供借条及其他证据可以佐证借款事实发生时，借款人对借条的真实性提出异议但未提供反驳证据的，借款事实的发生可以证明当事人存在借贷关系，债务人否认借条的真实性应当由债务人申请鉴定。借款人对借条上的签字提出异议应当由谁申请笔迹鉴定的法律依据
《民事诉讼法》第六十四条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。