贮藏室中氧气及二氧化碳比例是氧气少，二氧化碳多，这样会减少其呼吸作用，从而处长水果寿命。
但是如果二氧化碳含量过高也会引起水果果肉变褐色和苯含量过高，氧气含量过低会引起发酵
严格调节空气比例需要大笔费用，这种方法适用于贮藏期长的水果（例：苹果贮藏4-5个月）。
总的来说，热带水果对o2/co2比例变化十分敏感（表4）
如果没有调节整个贮藏室空气比例的设施，也可使用透气性塑料薄膜单个或分组包装水果以调节空气比例。
人们采用的o2/co2比例关系对于抑制细菌的出现没有作用，要想抑制它们，二氧化碳必需更高一些。在密封箱中，降低5-10倍的标准大气压可以延长贮藏时间，不需要人们改变o2/co2比例，氧气含量已经下降，并且低压有助于减少乙烯释放量。试验证明，采用这种方法，油梨在6-13℃，2.67kpa（20mmhg）状态下可以贮存80天，可是这种方法并不适用于柑橘，这是由于它有可能像真空贮藏一样引起柑橘表皮油状突起物。
表4 一些热带水果贮藏室中二氧化碳和氧气最佳比例（%）
水果 co2 o2
柑橘 16 5_
菠萝 19 2
油梨 14 7
芒果 15 6
番木瓜19 2
这种方法的缺点是价格昂贵并且对抑制水果发霉效果甚微。另一种超高压方法（1000-3000ban），同样耗资巨大，但它可以消灭几乎全部的微生物，但也会损伤某些水果的细胞。
6.热水_
将水果浸泡于45-55℃摄氏的水中可以将果皮消毒得比较彻底，通常出现的病原微生物的大部分都集中在表皮，它们在几分钟的浸泡后被杀死或抑制。在此之前还应做一些准备工作，对于每种水果，鉴于其不同的成熟时期，应首先确定其最佳浸泡温度及时间。如果水温更高一些（60℃），杀菌效果更佳，但它不可避免地带来色泽的损伤，果肉变硬，老化加剧。
建议芒果在55℃下浸泡5分钟或在50℃下浸泡10分钟，番木瓜在48℃下浸泡20分钟或43℃下浸泡30分钟。有些害虫的卵寄生于果肉中（例如番木瓜果蝇卵），49℃时果实内部温度可达47℃，可以杀死果中幼虫。用低压热气来处理密封箱中的水果效果同热水浸泡一样。
7.微波
用微波炉给含水量高的不同水果迅速加温，这种方法由于家用微波炉的普及而极易推广
不同水果其加热时间和强度均应严格控制调节。
人们观察到十多分钟后，50-55℃足以杀死水果中的微生物和害虫幼虫及虫卵，而且这种方法不会像热水处理法那样引起水果表皮升温。
微波处理方法可以取代溴化甲烷用来杀死幼枣椰害虫。射线处理就是将水果置于不同的电离光下使其杀死微生物和害虫幼虫，人们通常使用γ射线及x射线。
射线处理过的水果不会使水果有放射性，它也不像化学处理水果后会有残留量。尽管它优点，但人们较少使用此方法，因为该方法的费用是化学处理费用的3-10倍。，对于某些水果，射线处理过会缓缓成熟，如果剂量过大则会引起果实软化和表皮颜色不够光泽。
为了加强射线处理效果，有时辅之以热水浸泡方法。欧洲经济共同体法律规定处理香蕉、油梨、芒果、番石榴和番木瓜的射线量控制在0.25-0.35个cd。为了推广射线处理新鲜水果的方法，必须取得广大消费者的理解。
8.包装
传统包装的木箱碎纸法是造成水果伤口的一个原因，新材料的问世使低板箱代替了木箱，其优点是更加适合不同的水果尺寸。
传统的稻草垫也被不同型号的塑料垫圈取代。
包装在传统的保护功能之上以增加展示功能，这样零售时就不用再重新摆放。
但是新型包装仍会出现纸板破裂或包装变形的情况，故而仍有待改进。