阴离子色谱柱分离原理是基于离子色谱柱上可离解的离子与流动相中具有相同电荷的溶质离子之间进行的可逆交换和分析物溶质对交换剂亲和力的差别而被分离。适用于亲水性阴、阳离子的分离。例如检验亚硝酸盐，样品溶液进样之后，首先亚硝酸根离子与分析柱的离子交换位置之间直接进行离子交换（即被保留在柱上），然后被淋洗液中的oh-基置换并从柱上被洗脱。对树脂亲和力弱的分析物离子先于对树脂亲和力强的分析物离子依次被洗脱，然后是亚硝酸根离子，硝酸根离子，这就是离子色谱分离过程。
阴离子色谱柱分离系统-过滤和分离：
由保护柱和分析柱组成，保护柱的填料应与分析柱相同。色谱柱的填充剂分有机聚合物载体填充剂和无机载体填充剂。
有机聚合物载体填充剂较为常用，载体一般为苯乙烯-二乙烯基苯共聚物、乙基乙烯基苯-二乙烯基苯共聚物、聚甲基丙烯酸酯或聚乙烯聚合物等有机聚合物，在较宽酸碱范围(ph0〜14)内具有较髙的稳定性，且有一定的有机溶剂耐受性。
无机载体填充剂的载体一般为硅胶。在硅胶表面化学键合季铵基等阴离子交换功能基或磺酸基、羧酸基等阳离子交换功能基，可分别用于阴离子或阳离子的交换分离，机械稳定性好、在有机溶剂中不会溶胀或收缩，在ph2〜8的洗脱液中稳定，一般适用于阳离子样品的分离。