彩色甜椒在贮藏过程中，由于采收前后致病微生物的侵染，以及贮藏环境和包装容器消毒不严格，管理不善等因素，都容易引起发病或腐烂。所以，在果实贮藏前，一定要对果实、贮藏地点的周围和包装容器进行严格消毒，避免在贮藏期间发生病害。
贮藏环境条件不利，也会使果实在贮藏时发生病害或果实受损。
1.冷害是一个逐渐变化的过程，当贮藏的温度下降到冰点时，首先是组织内的游离水结冰，细胞开始死亡，细胞原生质胶体凝固，体积膨胀，细胞壁破裂，色素受到破坏，表皮呈现出不正常的褐色，严重降低果实的贮藏性和品质。
2.果实萎蔫是由于在贮藏过程中随着水分不断蒸发，促使彩色甜椒果实表皮呈现萎缩状态，降低鲜嫩度，严重影响果实的外观和口味。
3. 果实结露是由于贮藏环境中温湿度的变化，在果实表面凝结一层细小的水滴，对贮藏保鲜极为不利，为微生物的孽生创造了良好的条件，最终造成果实腐烂。注意在贮藏过程中对已经结露的果实要及时采取吸湿措施，以保持果实表面干爽。
解决上述问题的办法是：在贮藏过程中要保持环境的稳定，在给予彩色甜椒果实一个适宜的温湿度环境条件后，尽量减少温湿度的变化，避免温度忽高忽低、相对空气湿度过大或过小。