（1）税务成本较高。不能享受目标公司因亏损而带来的所得税的减免。交易时的税收成本也相对较大，房地产过户时的土地增值税、契税、营业税、企业所得税等过户税费、设备转让时的营业税，目标公司清算后所得税，股东清算所得的所得税等。而股权转让方式，交易发生在目标公司的股东之间，收购股权系受让方对外投资，既不会对受让方产生税费，对目标公司的税务也不会产生影响。
（2）由于股权收购仅仅是股东变更，企业的实际经营者、管理者、生产者不发生直接关系，对企业经营不致产生较大影响。而资产收购后需要逐步建立与员工的关系，生产经营可能会受到短期影响。目标公司长期经营而建立的品牌**度在让渡到新企业时不能确保**被认可或顺利对接。
（3）特别是对于特许经营行业，生产许可证延续是一个需要特别关注的问题。对于那些行业准入门槛较高的项目，如：环保审批严格的项目（排污指标、区域限制）、国家限制发展的项目（行业饱和、经济指标限制、布局限制），生产许可证是否能够顺利**、审批所需花费的时间、精力乃至于财务成本都是受让方必须要综合考虑的。除此之外，资产收购的同时须办理商标、生产技术等的权属转移，办理手续相对复杂一些。
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