1）、 检测荧光信号的步骤有误: 一般sg法采用72℃延伸时采集，taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。
2）、 引物或探针降解: 可通过page电泳检测其完整性。
3）、 模板量不足: 对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。
4）、 模板降解: 避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
2. ct值出现过晚（ct>38）
1）、 扩增效率低: 反应条件不够优化。设计更好的引物或探针；改用三步法进行反应；适当降低退火温度；增加镁离子浓度等。
2）、 pcr各种反应成分的降解或加样量的不足。
3）、 pcr产物太长: 一般采用80-150bp的产物长度。
3. 标准曲线线性关系不佳
1）、加样存在误差: 使得标准品不呈梯度。
2）、 标准品出现降解: 应避免标准品反复冻融，或重新制备并稀释标准品。
3）、 引物或探针不佳: 重新设计更好的引物和探针。
4）、 模板中存在抑制物，或模板浓度过高
4. 负对照有信号
1）、 引物设计不够优化：应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
2）、 引物浓度不佳：适当降低引物的浓度，并注意上下游引物的浓度配比。
3）、 镁离子浓度过高：适当降低镁离子浓度，或选择更合适的mix试剂盒。
4）、 模板有基因组的污染：rna提取过程中避免基因组dna的引入，或通过引物设计避免非特异扩增。
5. 溶解曲线不止一个主峰
1）、引物设计不够优化：应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
2）、 引物浓度不佳：适当降低引物的浓度，并注意上下游引物的浓度配比。
3）、 镁离子浓度过高：适当降低镁离子浓度，或选择更合适的 mix 试剂盒。
4）、 模板有基因组的污染：rna提取过程中避免基因组dna的引入，或通过引物设计避免非特异扩增。
6. 扩增效率低
1）、 反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。
2）、 反应条件不够优化：可适当降低退火温度或改为三步扩增法。
3）、反应体系中有pcr反应抑制物：一般是加入模板时所引入，应先把模板适度稀释，再加入反应体系中，减少抑制物的影响。
7. 同一试剂在不同仪器上产生不同的曲线，如何判断？
判断标准：扩增效率，灵敏度，特异性
如果扩增效率在90%-110%，都是特异性扩增，都可以把数据用于分析。
8. 扩增曲线的异常？比如“s”型曲线？
1）、 参比染料设定不正确(mastermix不加参比染料时，选none)
2）、模板的浓度太高或者降解
3 ）、荧光染料的降解