生物安全柜可分为上等、二级和三级三大类以满足不同的生物研究和防疫要求。上等生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有hepa过滤器。所有类型的生物安全柜都在排气和进气口使用hepa过滤器。上等生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内样品，目前已较少使用。是目前应用为广泛的柜型。按照nsf49的中的规定，依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4个不同的型号：a1型，a2（原b3）型,b1和b2型。所有的都可提供工作人员、环境和样品的保护。a1型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.38m/s。70%气体通过hepa过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排除。生物洁净安全柜的等级分类
a2型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s。70%气体通过hepa过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排除。
二级b型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏如实验室。其前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s（100fpm）。b1型70%气体通过排气口hepa过滤器排除，30%的气体通过供气口hepa过滤器再循环至工作区。b2型为99%全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制。
三级生物安全柜是为4级实验室生物安全等级而设计的，柜体*气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱（golve box），试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验。