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Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

2025/9/22 11:57:21发布29次查看
# -*- coding: utf-8 -*-created on sat jun 20 19:36:34 2015@author: chaofnimport os这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/manesh_pdb目录中的所有文件(一共有215个文件)批处理将pdb文件生成dssp文件#listdir返回文件名的列表fileline=os.listdir('/ifs/home/fanchao/manesh_pdb')#遍历整个列表for i in range(len(fileline)-1): #将字符串用变量表示 input_file='/ifs/home/fanchao/manesh_pdb/'+fileline[i] #先去掉文件名的后缀,然后形成后缀为dssp的文件名 out_file=fileline[i].split('.')[0]+'.dssp' output_file='/ifs/home/fanchao/manesh_dssp/'+out_file #注意:参数的传递(先是%s,然后是%变量名),多个变量的传入要用元组表示,在元组前用% os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))
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