一、投入经济化
科技创新活动在早期基本是以企业、私人、民间社团或教会等投入为主，政府介入科技投入活动比较少。当科技创新的一些成果运用到军事、经济并取得重大成果时，政府开始重视对科技创新活动的支持。这种支持主要是在科技创新活动的基础领域和与军事等目标相关的领域，目标是获取更为先进的武器、先进的生产工具和生产方法等，并没有直接和社会财富创造过程紧密地结合起来。对于那些可以直接创造财富的研发活动，政府通常都是让位于企业部门进行。
产生这种政府科技投入偏好的制度原因主要是基于这样一些假定：
（1）科学研究是对自然规律的探索，是新知识产生的源泉，但这种新知识并不直接带来社会财富的增加。
（2）共性技术、基础技术和公共适用技术的研发投入过程与其投入者的使用过程只存在一个比较小的“交集”，在投入与产出之间存在着比较大的不对称性。
（3）政府活动保持公正性的前提，就是尽可能地减少对私人投资的干预，而应用性研发活动则是和财富的最终创造连接在一起的。
（4）政府科技投入作为一种积极的公共政策安排，在关注基础研究、共性技术和公共适用技术的同时，一方面要通过增加技术的外溢性来增进创造和使用新技术的能力；另一方面，则要通过支持私人和小企业的创业活动，提高创造新财富的机会和能力。
进入20世纪90年代之后，上述决定政府科技投入的三项假定都发生了变化，不论是发达国家、新兴国家，还是发展中国家的政府科技投入，都越来越呈现出“经济化特征”。
近年各国在政府科技投入资源配置中，直接以财富增加为目标的投入占了相当比重。2000～2001年度，加拿大联邦政府对科技的投入高达66.8亿加元，科技投入占政府总预算的比例上升到4.3%，其中很大一部分直接投入到了与财富创造直接相关的领域。同样，日本对增加财富为目标的政府科技投入也有了很大的增加。2001年度政府科技投入达34613亿日元（约288亿美元），比2000年度增加5.4%。
政府科技投入表现为经济化过程，其根本原因在于：
（1）经济增长和财富增加已经成为一个国家或地区核心竞争力的体现，政府科技投入不能不考虑经济效益。
（2）科技投入只有成为经济活动的内在组成部分时，科技成果才能真正在经济循环中转化为财富。
（3）科技成果转化成财富的周期大为缩短，使政府科技投入经济化成为可能。
二、投入商业化
这种配置资源的优点在于：
（1）政府可以直接操控项目，落实资金。
（2）项目实施过程可以直接接受政府检查、监督，便于及时发现问题，做出相应调整。
如果是以国家重大战略产品或者以纯科学研究为目标的政府科技投入安排，这种投入方式应该是有效的，但是如果是以财富化为目标，这种科技投入安排在现实中就会遇到严重问题。包括政府资金性质与项目商业化过程的矛盾，以及政府研发投入与企业研发投入的矛盾。（未完待续）