火神山、雷神山医院是临时性医院，建设速度快，接收病人多。医疗废物、医疗废水处置面临的情况复杂。对此，生态环境系统高度关注，全力支持。治污随整体建设一同开展。*组织水专项团队，协助开展火神山、雷神山医院设计图纸审核、设备选型，编制《武汉“小汤山模式”医院污水处理技术方案》。武汉市生态环境局派员在现场提供指导服务。
火神山医院建设2条960吨/日污水处理设施，总处理能力1920吨/日。排放口建设流量、余氯、粪大肠菌群、化学需氧量、氨氮、ph值等在线监控设施。雷神山医院污水处理能力1200吨/日，采用mbbr等工艺处理后经市政管网排入城镇污水处理设施进一步处理。火神山废水经管网排入石洋污水处理厂，雷神山废水经管网排入黄家湖污水处理厂。两所医院污水消毒后总余氯浓度满足有关标准要求。
自疫情爆发来，湖北省在武汉市建立了省市区三级生态环境系统现场执fa检查帮扶机制，对两所定点医院医疗废物转运及污水处理、医疗废物暂存库等进行日巡查、日专报，确保涉疫医疗废物得到规范处置，保障涉疫污水稳定达标排放。此外，*协调有关单位，为火神山、雷神山医院提供水质在线监测设备，实时监控两所医院排水cod、氨氮、余氯等指标。