同直接式污水源热泵系统来说，间接式污水源热泵系统一般没有堵塞、腐蚀、繁殖微生物的可能性，是因为离心式污水换热器具有防堵塞、防腐蚀、放繁殖微生物等功能。
间接式污水源热泵相对于直接式而言，系统复杂且设备（换热器、水泵等）多，因此，间接式系统的造价要高于直接式。据制冷快报记者了解，在同样的污水温度条件下，直接式污水源热泵的蒸发温度要比间接式高2~3，在供热能力相同情况下，直接式污水源热泵要比间接式节能7%左右 泵阀交易网。
但是加入污水换热器以后，工程造价也就相对提高了一些，在使用的时候要充分考虑这一点。要根据自己周边污水成分来加以考虑与决策。