在液相色谱仪开机前，我们首先应当做好准备工作，主要有配置试验要求的流动相、安装试验用的色谱、将流动相过滤脱气三点。流动相的过滤，主要是为了除去流动相中的微粒物质，所应用到的滤膜可分脂溶性滤膜(有机滤膜)、水溶性滤膜与通用型滤膜。
而流动相的脱气，则是为了流动相防止在泵、流路、检测器等仪器组成部分中产生气泡，从而造成泵的不稳定，并增加检测器的噪音。据了解，氦气脱气、真空脱气、超声脱气、加热脱气均可运用于液相色谱仪的流动相脱气。脱气的操作，需要以流动相中的混合物浓度不发生变化为主要原则。
另外，色谱柱的安装调试，还涉及反相色谱柱与正相色谱柱两种。反向色谱柱多以硅胶为基质，常以硅胶健合c18、c8为填料。值得一提的是，液相色谱仪还应当采用稳定性较高的反相色谱柱。因为，这种色谱柱还能够承受酸与碱的作用。同时，因存在着色谱仪遭受腐蚀的可能性，操作人员还应当勤劳更换每次试验用水，不使用卤化物。后，为控制样品在分析过程中的解离，操作人员还需注意反向色谱柱使用时的ph值，过高的ph值会溶解硅胶，过低的ph则会造成烷基的脱落。
除上述几个检测的开机准备工作以外，仪器设备本身的质量、色谱条件、操作人员技术熟练程度、仪器安装环境，都是影响着液相色谱仪发挥作用的关键因素。不仅如此，仪器使用者还应当每三个月，就对液相色谱仪的清洗溶剂过滤器及溶剂瓶进行清洗，以此来保证仪器长时间、率的使用。