不论是兵团的还是地产的棉花，公检回潮率基本上都比在线回潮率大，就单包检测数据来看，很大一部分差异超过3%。
同一棉包两头测试的回潮率存在较大差异。由于处于比较极端（当时室外温度零下27℃）的环境，企业使用插式水分电测器,对其单排堆放的棉垛进行测试，同一棉包由于一头处于风口处，而另一头背风，导致同一包棉花包头两侧测试的回潮率差异达到2%。
企业在使用在线回潮系统过程中存在问题。在检测一批棉花（同一天生产）时发现，前期流水号的棉包在线回潮率都是超过10%的，但是后期流水号的在线回潮率突然都变成6%左右。
针插式（mbs型）水分电测器存在台差。同一包棉花同一时间、同一插入点、同一插入深度，各个电测器测试的数值不一致，有的差异达到1%。低温下水分电测器把手容易损坏，尤其是与连接线连接处。由于温度低连接线外层塑料变硬，导致连接线根部非常容易断裂。
公定重量问题。公定重量普遍比原检验公量小。兵团的棉花每批基本上少0.6-0.8吨，地产棉基本上少0.8-1.3吨，地产棉有的批次甚至少2吨，有的一个合同号（10个批次）总公定重量与原检总公量相比少了17吨。检测过程中甚至发现，在公检回潮率比在线回潮率大2%的情况下，公定重量与原检验结果差异较大的批次，公检的毛重甚至比原毛重还小。
但是也有的棉花加工企业公定重量与原检公量差异很小，公定重量与原检验结果差异在200公斤之内，基本上是溢重，有的批次公量比原检验结果重0.4324吨；也有部分企业的公定重量与原检公量差异也较小，平均每批基本上在300公斤以内。