石蜡包埋组织dna的脱蜡方法有物理法,二甲苯脱蜡法,72℃保温脱蜡法,tes溶液水浴脱蜡法等,目前zui常用的是二甲苯脱蜡法,但二甲苯是有毒试剂,是3类致癌物之一。zymo通过多年研发,推出了一款快速简便且du有的无毒脱蜡液的ffpe dna提取试剂盒。
北京百奥创新科技有限公司提供此款试剂盒:
简介:
ffpe dna小量提取试剂盒为从福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)组织样本和切片中高产量/高质量地分离dna提供了一种简单而可靠的方法。该产品的独te化学成分经过优化,可最大限度地回收非交联、超纯dna,而且不会受到rna污染。只需使用提供的蛋白酶k消化脱蜡组织,加热,然后使用试剂盒中的zymo-spin柱纯化dna。pcr抑制剂在分离过程中被有效去除,洗脱的dna是pcr、下一代测序、酶操作等的理想选择。
操作流程示意图:
优点:
提取效率比较:
使用本试剂盒与供应商q kit从同样样本中提取到的dna进行实时pcr分析比较。如上图的扩增曲线所示,使用本试剂盒分离的dna始终产生较低的ct值。
兼容不同片段提取:
本试剂盒选择性分离dna>50bp或>500bp的dna,然后在1%琼脂糖凝胶上进行分析。
提取步骤:
脱蜡:
1.尽可能多的从组织上去除石蜡,然后将样品放置到一个1.5 ml离心管中。
注意:最多处理25 mg石蜡块中的组织或最多4个组织切片(总表面积20mm2)建议处理1-2个切片
2.向样品中加入400 μl脱蜡液,55°c孵育1分钟,短暂涡旋。
3.除去样品中的脱蜡溶液然后处理下一个切片。
组织消化:
1.针对离心管中去除了脱蜡液的组织样品 (≤25 mg) ,加入以下混合物:
2.
3.将温度调到94°c孵育20分钟。然后加入5 μl rnase a,混匀,在室温下再孵育5分钟。
dna纯化:
1.向离心管中加入350 μl genomic lysis buffer,涡旋混匀。
2. 向样品中加入135 μl异丙醇(自行准备)并混匀。≥ 12000×g离心1分钟,去除不溶物。
3.将上清液转移到zymo-spin? iicr柱中,zymo-spin? iicr柱套在一个收集管里,10000×g离心1分钟。
4.将zymo-spin? iicr柱套在一个新的收集管中,加入400 μl genomic dna wash 1,10000×g离心1分钟。弃掉收集管中的废液。
5.向zymo-spin? iicr柱中加入700 μl genomic dna wash 2,≥ 12000×g离心1分钟。弃掉收集管中的废液。
6.向zymo-spin? iicr柱中加入200 μl genomic dna wash 2,≥ 12000×g离心1分钟。
7.将zymo-spin? iicr柱转移到干净的微量离心管中。加入≥ 50 μl dna elution buffer或水(如果采样25 mg组织,添加≥ 100 μl)到柱基质上。室温下放置 2-5分钟。
8. 全速离心30秒以洗脱dna。
洗脱的dna可立即用于基于分子的应用或储存在≤-20oc以备将来使用。
[1]goelz se, hamilton sr, vogelstein b. purífication of dna from formaldeyde fixed and paraffin-embedded tissues[j].biochem biophys res commun, 1985, 130(1):118-126.
