瓶装巴氏杀菌流水线的工作原理：该设备是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢;温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。据产品的要求设定加热温度和加热时间，开启循环泵和自动温控装置。经加热、保温完成后的产品送入到巴氏灭菌的预冷部分进行预冷后再进入到冷却部分进行产品的冷却。冷却完成的产品经输送机输送到吹干机将包装好的产品上的水分吹干，达到贴标签（针对瓶装产品）或者装箱入库的要求。
