连接臂的位置、长度、性质及末端的功能基团是半抗原合成的4个关键因素。连接臂的位置应结合分析目的来考虑。某些化合物结构中既存在某类化合物的公共特征，又有其各自的个性特征，如为了检测某一个化合物，则应突出其个性特征，制备化合物特异性抗体。
对于所设计的目标半抗原化合物，总体来说其合成思路为对待测物进行结构修饰或利用相关的中间体、原料重新合成，具体来说有这三个方法：
1. 利用待测物现有结构，通过氧化、还原、取代、水解等反应产生相应的功能基团。
2. 利用待测物相关的中间体来合成。
3. 利用原料、试剂重新合成，在适当的位置引入带有功能基团的小分子。