货物运输合同纠纷的处理方式为原则上由承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，应当按照约定进行。货物运输合同纠纷要怎么处理的法律依据
《中华人民共和国民法典》第八百三十二条承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。但是，承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担赔偿责任。第八百三十三条货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。