利用离子色谱仪进行分析检测时，各种离子的分离是通过色谱柱完成的。色谱柱是离子色谱仪的核心，色谱柱的性能对分析结果有着关键影响。因此，使用者需要特别注意色谱柱的维护保养。
1.柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动；
2.当柱和色谱仪联结时，阀件或管路一定要清洗干净
3.要注意流动相的脱气，并且避免使用高粘度的溶剂作为流动相；
4.实际样品在测定时要经过预处理，严格控制进样量；
5.每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品，还要用适当的溶剂来清洗柱；
6.若分析柱长期不使用，对阴离子柱要用纯净的水冲洗干净，并通入3%的h2bo3(30ml)或naoh，并将色谱柱取下两端密封保存，对阳离子柱要通入水、一定量的酸，并将色谱柱取下两端密封保存；
7.短时间不用的色谱柱，对阴柱可采用一周通水一次、阳柱一周通淋洗液一次的方法保存。
8.仪器较长时间不用时，要将恒流泵进液的过滤头一直放在水中，避免在空气中干燥吸附气体；
9.再次使用的时候要检查整个流动管路中是否有气泡，如果有要先将气泡排除后再将色谱柱接上，防止将气泡带到色谱中。