分子荧光分光光度计是用于扫描液相荧光标记物所发出的荧光光谱的一种仪器。其能提供包括激发光谱、发射光谱以及荧光强度、量子产率、荧光寿命、荧光偏振等许多物理参数，从各个角度反映了分子的成键和结构情况。通过对这些参数的测定，不但可以做一般的定量分析,而且还可以推断分子在各种环境下的构象变化，从而阐明分子结构与功能之间的关系。荧光分光光度计的激发波长扫描范围一般是190~650nm，发射波长扫描范围是200~800nm。可用于液体、固体样品(如凝胶条)的光谱扫描。
荧光强度跟很多因素有关，如分子结构、存在状态、溶液浓度或薄膜厚度、温度、选择的激发波长、测试狭缝宽度等因素。荧光强度在不同仪器上的测量值存在较大差异，不具有可比性，但是其峰位还是较容易确定的，可以用来判断何种物质。进行荧光定量分析，必须固定一些条件。
分子荧光分光光度计的基本结构分以下五种：
1.光源：为高压汞蒸气灯或氙弧灯，后者能发射出强度较大的连续光谱，且在300nm-400nm范围内强度几乎相等，故较常用。
2.激发单色器：置于光源和样品室之间的为激发单色器或单色器，筛选出特定的激发光谱。
3.发射单色器：置于样品室和检测器之间的为发射单色器或第二单色器，常采用光栅为单色器。筛选出特定的发射光谱。
4.检测器：一般用光电管或光电倍增管作检测器。可将光信号放大并转为电信号。
5.样品室：通常由石英池(液体样品用)或固体样品架(粉末或片状样品)组成。丈量液体时，光源与检测器成直角安排；丈量固体时，光源与检测器成锐角安排。