事实上气质联用仪强大的性能同样给产品的维护提升了难度，相关的仪器故障在毛细管柱进入质谱腔的接口和质谱腔体开门时的密封圈处尤为突出，因此相关的维护工作也很重要。
一般来说，气质联用仪使用时需要注意，毛细管柱进入质谱腔时伸入质谱腔中的长度应适中，而垫圈的选择也应该避免太松或者太紧的情况(太松无法起到密封效果，太紧会造成密封圈和腔体的损坏)。同时，关闭腔体门时，应该避免毛发或绒线与仪器直接接触。
另外需要注意的一点是，气质联用仪机械泵的日常保养经常会被遗漏，为了确保设备的检验准确性，银定期更换机械泵的分子筛、添加机油。