洪灾损失在通常情况下是不要作进项税额转出的。洪灾所造成的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务等损失属于非正常损失。非正常损失的购进货物及相关应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。洪灾损失是否要作进项税额转出的法律依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；（四）国务院规定的其他项目。