公司在被注销后应当按照以下规定进行行政诉讼主体的确定：在公司依法清算并被注销前，该企业法人为诉讼主体；对于未依法清算就被注销了的公司，该企业法人的股东、发起人或者出资人为诉讼主体。公司被注销后如何确定行政诉讼主体的法律依据
《行政诉讼法》第二十五条行政行为的相对人以及其他与行政行为有利害关系的公民、法人或者其他组织，有权提起诉讼。有权提起诉讼的公民死亡，其近亲属可以提起诉讼。有权提起诉讼的法人或者其他组织终止，承受其权利的法人或者其他组织可以提起诉讼。人民检察院在履行职责中发现生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的，应当向行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。行政机关不依法履行职责的，人民检察院依法向人民法院提起诉讼。