万海航运(whl) 股份有限公司创立于民国五十四年(1965年)二月二十四日，初期以从事台湾、日本、东南亚间原木运输为主要营业范围。尔后鉴于国际海运有逐渐迈入货柜化服务之趋势，于民国六十五年(1976年)七月间购置全货柜轮，开始台湾至日本货柜运输服务，而从此树立了公司货柜服务的里程碑。往后数年万海航运(whl) 股份有限公司陆续扩充船队、船舶设备，并积极开辟新航线，进而成为远东地区航次最密集、服务网路最完整之航运公司。
万海航运(whl) 股份有限公司于民国七十二年(1983年)6月首辟日本关东、关西分线川航，达到缩短航程，提高船期准确度，并奠定万海航运(whl) 股份有限公司在日本航线市场领导者的地位，为传统的台、日航线创造了新纪元。另为了扩大经营规模，服务至东南亚投资设厂的台商，78年起万海航运(whl) 股份有限公司又陆续开辟了韩、星、马、泰、印、越等航线。
万海航运(whl) 股份有限公司于85年5月份以第一类股挂牌上市，成为航运业绩优上市公司。86年8月首开台湾-香港-厦门两岸三地航线，以争取两岸经贸交流带来的庞大商机，及至87年11月投入台湾-香港-上海之航线服务，使万海航运(whl) 股份有限公司在中国大陆的服务网更加完善。87年4月成功开辟中东航线，并在11月增辟中东第二航线，串联新加坡、巴生港、迪拜等主要航点，大幅提升市场竞争力。