原位扫描电镜主要是通过发射电子聚焦光束来扫描样品的表面形态.电子束与样品表面的样子发生作用，产生多种能够被检测的信号，这些信号就包含了样品的表面形态和组成染色。扫描电镜sem在材料科学、金属材料、陶瓷材料半导体材料、化学材料等领域，进行材料的微观形貌、组织、成分分析。各种材料的形貌组织观察，材料断口分析和失效分析，材料实时微区成分分析，元素定量、定性成分分析，快速的多元素面扫描和线扫描分布测量，晶体/晶粒的相鉴定，晶粒尺寸、形状分析，晶体、晶粒取向测量。
样品的初步处理：
a.取材样品面积可达8mm×8mm，厚度可达5mm。对于易卷曲的样品如血管、胃肠道粘膜等，可固定在滤纸或卡片纸上，以充分暴露待观察的组织表面。
b.样品的清洗
(1)用等渗的生理盐水或缓冲液清洗；
(2)用5%的苏打水清洗；
(3)用超声震荡或酶消化的方法进行处理。
c.固定：固定所用的试剂和透射电镜样品制备相同，常用戊二醛及锇酸双固定。由于样品体积较大，固定时间应适当延长。也可用快速冷冻固定。
d.脱水：样品经漂洗后用逐级增高浓度的酒精或丙酮脱水，然后进入中间液，一般用醋酸异戊酯作中间液。