上海空运行业管理体系所致，首当其冲的要归因于公路收费，目前世界各国收费公路总长约14万公里，而有10万公里在中国，公路的增加为中国的交通运输提供便捷，但长期为人诟病的是收费公路过多站点过密额度过高期限过长，2012年元旦以来，全国各省市大范围内取消一级二级公路收费，在一定程度上减轻了物流负担，改革取得一定成效，但不可忽略的现象是些许取消收费的公路改头换面，继续收费，相关部门监管不力，甚至充耳不闻，这些乱象行为把政策变成了一纸空文，无疑大大削减了改革的意义。
上海空运的网络体系建设滞后，我们应实行信息化覆盖下的现代流通体系的话，在空运领域我们还有一半左右的费用可以降下来，科技助推服务业尤其是物流业发展的作用可见一斑，目前我国仅有少数大规模物流企业的信息化程度达到信息化程度的第二层，大多数的空运公司业务展开均停在手工操作的阶段，信息化的普及和完善，将是我国空运行业未来长期且艰巨的任务。
上海空运整个流通体系缺乏互通互联，货物运输体系分散，中国物流发展最为迅速的往往是沿海城市，内陆地区发展滞后。由沿海向内陆推进是我国的发展模式，而欧美则是相反。沿海经济发展程度高，地理优势显而易见，但毋庸置疑的是与内陆联动的力度还不足，且内陆自身物流发展中也有许多瓶颈尚待解决。货物运输过程中，体系分散，从生产者到消费者配送的考虑过于单一，供应商到原材料生产者、制造者再到运输者联系薄弱，且运输过程中往往存在运量零星、批数较多、到站分散、品种繁多、性质复杂等大小问题。