物流成本和其他成本比较，有许多不同之处，但是最突出的只有两点。这两点被归结为物流冰山现象和效益背反（交替损益）现象。物流冰山理论认为，在企业中，绝大多数物流发生的费用，被混杂在其他费用之中，而能够单独列出会计项目的，只是其中很小一部分，这;一部分是可见的，常常被人们误解为它就是物流费用的全貌，其实只不过是浮在水面上的、能被人所见的冰山一角而已。因此，物流成本难以全面计算，难以正确把握，难以对比分析。交替损益现象，是物流成本的另一个特点。物流成本的发生源很多，其成本发生的领域往往是不同部门管理的领域，因此，这种部门的条块分割就使得相关物流活动无法进行协调和优化，呈现此涨彼消、此损彼益的现象。在任何一个大系统中，系统要素之间经常会出现这种矛盾。系统工程的主要目的，也在于从系统高度寻求总体的最优。
