他项权证由申请人办理。他项权证是等买受人的产权证办理下来后拿到房管局办理抵押后的产物，由申请人办理。他项权证是由银行掌握的，该购房款是向银行申请的，他项权证是放在银行内部，在借款人还清贷款后，会有工作人员带上他权与借款人一起到房管局办理注销。关于他项权证由谁办理的法律依据
《城市房地产抵押管理办法》第三十四条
以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。
以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。