（一）出口加工区加工贸易业务管理机构
商务部是出口加工区加工贸易的政策业务主管部门。出口加工区管理委员会（以下简称管委会）负责出口加工区加工贸易业务管理工作，出口加工区所在省、自治区、直辖市、计划单列市、新疆生产建设兵团及哈尔滨、长春、沈阳、南京、广州、成都、西安、武汉市商务主管部门（以下简称省级商务主管部门）归口管理其加工贸易业务。
（二）出口加工区的加工贸易业务范围
出口加工区要遵循国家有关产业政策导向，着力吸引技术水平高、增值含量大的加工贸易企业和带动配套能力强的大型下游企业入区。出口加工区内禁止开展高耗能、高污染等不符合国家产业政策发展要求的加工贸易业务。东部沿海地区的出口加工区要提高产业层次，不再新批低水平、低附加值的劳动密集型企业入区；中西部地区的出口加工区要结合本地区自身优势，有选择地发展当地特色出口加工业，并积极承接东部沿海地区梯度转移的产业。
（三）出口加工区内企业开展加工贸易业务的申请和审批
（1）出口加工区内企业开展加工贸易业务，须凭企业设立的有效批准文件，向管委会提交开展加工贸易业务的书面申请报告，对有特殊规定的项目，须提供有关部门出具的相关批准文件。申请报告要说明企业开展加工贸易业务的方式和内容，并附需要进口的加工生产用设备、料件或需要出口的制成品清单。
（2）管委会收到企业申请后，要按照国家有关规定进行审核，对符合条件的加工贸易业务，在10个工作日内签发《出口加工区加工贸易业务批准证》和所附清单，海关凭加盖管委会印章的《出口加工区加工贸易业务批准证》为企业进行注册备案。
（3）在具备条件的地区，企业应通过口岸电子执法系统向管委会报送申请报告和所附清单，管委会通过口岸电子执法系统核准企业报送的申请和所附清单，海关凭管委会核准的电子文件进行注册备案。
（4）出口加工区内企业在海关办理注册备案后，方可在管委会批准的范围内开展加工贸易业务。如需开展超出原批准范围的加工贸易业务，须按规定到管委会办理核准手续。
管委会要在每年1月15日前将上一年度出口加工区审批情况汇总，并报省级商务主管部门，省级商务主管部门将相关材料报商务部。