南京是全国率先跨入亿吨级的江海型内河港之一；拥有省内最大的、唯一的正式对外开放的国际机场。长江中上游港口有45％的中转货物在南京港中转。中上游企业所需铁矿石占南京港铁矿石吞吐量的50％左右；中上游约25％的集装箱通过南京港中转。
2005年南京货运总量达到了1．82亿吨，南京港实现货物吞吐量1．07亿吨，是全国内河第一个亿吨港。目前南京确定的目标是，到2010年，基本形成以南京港、禄口国际机场、铁路、公路枢纽货运站为枢纽，以五大物流基地为节点，以信息化支撑的铁路、长江水运、公路、航空和管道5种运输方式相衔接的长江国际航运物流网络体系。
到2020年，实现港口集装箱吞吐量达到600万标箱，外贸货物吞吐量力争达到6000万吨；空港旅客吞吐量和货邮吞吐量分别达到2500万人次和150万吨。“十一五”期间，将着重加强港口和机场基础设施建设，其中禄口国际机场将重点建设第二条滑行跑道，筹建第二条飞行跑道，建立与国际候机厅和中国邮政航空速递物流集散中心