内贸集装箱卸船前，船公司应将舱单（一般为一式两份）交给内贸集装箱码头，其中·份由集装箱码头计划部门留存，据以编制码头卸船作业计划，做为组织码头现场卸船作业的依据，另一份由业务部门留存，作为客户申请提取重箱时，办理单证的依据。
内贸集装箱装船前，船公司应将重箱装船单（一般为一式两份）和空箱调运指令交集装箱码头计划部门，集装箱码头计划员据以编制装铅计划，并组织现场装船作业。
在全电脑管理的内贸集装箱码头，当装（卸）船完毕后，有关作业单证应汇总到集装箱码头计划部门核对人员处，核对人员将码头现场作业单证与码头电脑系统中的数据进行核对，如两者一致，则将该船舶在码头电脑作业系统中设置为“启航操作”（不同码头的电脑操作系统可能有区别）。船舶自航操作后，相关的计费信息会自动进入财务部门的计费系统。财务部门从电脑系统导出装（卸）船的码头费用洁单，送船公司核对。船公司核对后确认费用，一般实行月结方式，结算费用。实行手工操作的内贸集装箱码头，则应在计划部门核对操作单证后，将有关单证交费收管理部门计费，然后交财务部门向船公司结算费用。