(一）集装箱堆垛
集装箱货物在货运站仓库内按一定的形式和要求进行堆垛存储，这叫集装箱堆垛，也叫堆码、码垛。集装箱堆垛的好坏直接关系到货物和人身的安全，而且直接影响理货计数工作效率以及仓库的场地利用率，因此对集装箱的堆垛有一定的要求，具体如下：
1.堆垛整齐牢固，成行成线，做到标准化；
2.成组货物定量上垛，能点清组数，不成组货物能点清件数；
3.按单堆码，标志朝外，箭头向上，重箱不压轻箱，木箱不压纸箱，残损另堆；
4.堆垛时先里后外，先算后堆；
5.堆垛时要考虑出货的方便，不同票的货不相压，大票货不围小票货；
6.要根据不同的货物性质，包装形式堆成不同的垛型；
7.要注意有包装储运标志及危险品标志的货物应按其要求堆码；
8.在每一单货物的显目的位置拴挂堆垛（粧脚）牌，清楚标明日期、委托货代、进仓编号（提单号）、货名、总件数、关号、货位、理货员签名等内容。
(二）集装箱保管
货物进仓后，集装箱货运站就要开始对货物进行保管，承担货物的安全责任，确保不发生货损、货差等事故，所以必须做好以下几项工作：
1.台账健全，定期盘点。有货有账，货账相符。货物入库、出库及时登账或销账。同时，根据实际情况进行定期盘点。
2.防盗。仓库值班员尽职尽责，把好仓库大门，人员进出登记，无关人员不得进出仓库。
3.做好防火、防汛、防台工作。在明显的地方设置配备消防器材，清除火灾隐患，杜绝火种入库，不准在仓库内吸烟。明火作业必须按相关的安全操作规程,配备好灭火器。在台风季节、多雨季节，做好仓库的防水排水工作，如发现仓库的外表结构出现破裂等不安全因素，及时修理。
4.地脚货、超期货、危险品货物的管理。地脚货是指货物外包装破损而散漏出来的货物。及时修复破损包装，减少地脚货，漏出的地脚货及时清理。对无主货应及时联系发货人，超期货及时和收发货人联系，如超过一定时间，应根据海关的有关规定进行处理。
5.货物的整理。定期对零散的货物进行归、并、转，使得堆垛整齐，提高货位的利用率。