一 旦 使 用 了 合 适 的 去 污 剂 将 膜 蛋 白 从 细 胞 膜 中 増 溶 出 来 ，就 可 以 分 离 目 标 蛋 白 质 了 。传 统 色 谱 层 析 技 术 ，如 凝 胶 过 滤 、亲 和 、离 子 交 换 和 层 析 聚 焦 等 都 可以 用 于 膜 蛋 白 纯 化 。然 而 ，在 去 污 剂 存 在 条 件 下 使 用 色 谱 层 析 需 要 注 意 以 下 几 点 。
1. 使用足量的去污剂，以维持整合膜蛋白在缓冲液中处于可溶形式并防止蛋白质聚集。
2. 由于大多数去污剂具有疏水性，基于蛋白质疏水性的蛋白质分离方法，如苯基-琼脂糖凝胶和反相层析也许不适于膜蛋白的纯化。
3.elisa定量试剂盒膜蛋白与去污剂胶束的结合，特别是具有大胶束尺寸或本身为离子型的去污剂，会遮蔽膜蛋白的电荷。因此，离子交换层析分离膜蛋白的能力也许不如非膜蛋白。
4.增溶膜蛋白的离子型去污剂，如胆酸盐或脱氧胆酸盐，不适用于离子交换层析。非离子型或兼性去污剂则可用于基于电荷的制备技术, 包括离子交换层析和制备电泳。
5. 含糖基的去污剂也许会干扰特定的凝集素层析，如 辛 基 葡 糖 苷 会 干 扰 cona层 析 。
6.由于溶解的膜蛋白处于去污剂胶束中，在凝胶过滤中膜蛋白具有更大的表观分子质量。能形成大分子质量胶束的去污剂，如 trtion x-100, 会使溶解的膜蛋白的分子质量 增 加 60?100 kda。因此, 大多数蛋白质会出现在高分子质量部分，从而使基于分子大小的蛋白质分离变得困难。