发生医疗纠纷，首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。
协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。如对三级鉴定结论不服，可申请复仪或二级鉴定。如仍不服，则申请复议和一级鉴定。卫生行政管理部门和医疗单位根据鉴定结论和有关法规及制度作出相应处理。如对处理结果仍不服的，可以向当地基层人民法院提起诉讼。当然，双方自行协商、请求卫生行政部门处理都不是必经程序，也可直接向法院提起诉讼。
二、医疗事故要多久上报
如果发生重大的医疗事故，要在12小时内上报。
根据《医疗事故处理条例》规定，发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。发生下列重大医疗过失行为的，医疗机构应当在12小时内向所在地卫生行政部门报告：
1.导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故；
2.导致3人以上人身损害后果；
3.国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。
三、医疗事故鉴定的程序
发生医疗纠纷后，经行政调解行调解未能解决者，医患双方都有权申请医疗事故技术鉴定，其程序如下：
1.由申请者向当地医疗事故技术签定委员会递交书面申请，申请书应写明事情发生的经过及时间、地点，提出申请鉴定的理由。
2.提出申请鉴定方应向医疗事故技术鉴定委员会交医疗事故技术鉴定费。
3.医疗事故技术鉴定听证、取证。发生病员死亡事件，临床诊断不能明确死因或双方对死因有争议者，应请法医进行尸体解剖，费用由申请鉴定方负责。
4.召开医疗事故技术鉴定会议。医疗事故鉴定委员会成员由同级人民政府批准，由相关专业技术专家及法医组成。
5.从医疗事故技术鉴定委员会受理申请日起30日内，受理机构将鉴定意见书送达当事双方，对当地医疗事故技术鉴定委员会所作的结论不服的，可在接到鉴定意见书之日起十五日内，向上一级医疗事故技术鉴定委员会申请复议，省医疗事故技术鉴定委员会的鉴定为最终鉴定。