虽然海外仓对于中国的跨境电商发展起到了非常重要的作用，但是就目前来看中国的海外仓建设也遇到了问题和不足，选择通过海外仓方式进行跨境电商运营的企业未必全部赢利，甚至也有个别跨境电商企业正是因为海外仓计划造成了巨大的亏损，就多年的跨境电商经验来看目前海外仓遇到的问题有如下三点。
1、库存和成本的压力。
海外仓虽然在客户体验、发货速度、供应链效率方面有非常显著的优势，但是对于跨境电商经营者，特别是那些中小跨境电商经营者压力和风险也非常大。首先就是库存的压力，通过预发的方式海运出口，跨境电商企业首先遇到的是库存的压力，海外仓经常会有产品滞销的问题，但此时产品很难退回到国内。跨境电商经营者需要通过数据分析调研和目的国海外资源从产品品类、销售周期、买家采购习惯、市场预测风险评估去合理布局。海外仓在产品库存、目的国仓库租用、人力成本、发货等方面管理成本都非常大，这是目前中小跨境电子商务企业最应该考虑的问题。
2、国外政府对于海外仓的管理越来越严格。
2014年是中国跨境电商海外仓建设的高峰期，从政府到跨境企业、物流公司、it企业都纷纷在海外建立了自己的海外仓，同时随着跨境电商出口的发展，国外政府也是态度各异，因为中国的跨境电商发展特别是海外仓的建设对目的国本土的商业和零售业会带去一定的市场冲击，所以欧洲和美国政府这两年都对海外仓的管理越来越严格，对于货物的清关、税收、商品检验等核心环节不断地介人，加强对跨境电商的管理。这也是众多跨境电商经营者应该关注的问题。
3、跨境海外仓发展良莠不齐。